インボイス制度が2023年10月に開始されたことを受けて、電子インボイス対応のソフトを探している方も多いかと思われます。
電子インボイスへの対応というと、「送られてきた請求書をどうデータ化するか（受領側の効率化）」に注目が集まりがちです。
しかし、経理部門の真のボトルネックは、「自社から発行したあとの入金消込・督促」や「営業部門のシステム（SFA/CRM）との連携」にあります。

ここを一気通貫でシステム化しなければ、抜本的な業務削減にはつながりません。
この記事では、目的に合わせて正しくツールを選定できるよう、「発行から入金消込に強いシステム」と「受領とデータ化に強いシステム」に分類し、合計10種類の経理システムを客観的に比較・解説します。

電子インボイスの国際規格「Peppol（ペポル）」について

「Peppol」はヨーロッパ・アジア圏・オーストラリア等30ヶ国以上で導入されている、電子文書の文書仕様・ネットワーク・運用ルールに関する国際規格です。日本ではPeppolに準拠した電子インボイスの規格「JP PINT」が作成されており、2021年9月からデジタル庁が管理局としての活動を実施しています。

Peppolに準拠した電子インボイスを作成することには、請求書業務のコスト削減・海外企業との取引効率向上といったメリットがあります。国内でJP PINTを利用する企業が増加した場合は、電子インボイスのやり取りがスムーズになる効果もあり、バックオフィス業務の効率化が進むことが見込まれるでしょう。

電子インボイスでの対応が必要な業務

インボイス制度への対応は、請求書の書式を変えれば終わりというものではありません。仕入税額控除の適用条件が変わることで、経理・会計・販売管理・レジの4つの業務でシステムの変更や改修が必要になります。ここで重要なのは、それぞれの業務で「制度が何を求めているか」と「システムに何を備えさせる必要があるか」を分けて考えることです。以下では業務ごとに、制度上の要件と、それを満たすためにシステム側で確認すべき点を整理します。

経理

請求書の作成・送付・保存などを電子データで行うことで、経理業務の効率向上、書類の保管スペース削減等を図れます。インボイス制度開始後に仕入税額控除を受けるには売り手と買い手の双方が適格請求書を保存する必要があり、電子データとして受領した際には電子保存を行うことが必要条件です。

また電子インボイスを保存する際には、消費税法施行規則に従ってタイムスタンプの付与や、電子インボイスの検索機能を確保するといった対応を適宜行う必要があります。正当な理由なくインボイスを訂正・削除することを防ぎ、経理業務にかかる負担を軽減する作用が見込めます。

会計

電子インボイスを用いて仕入税額控除を受ける際には消費税率に応じて控除額を計算する必要があります。

免税事業者や消費者等からの仕入は、一定の条件を満たすことで仕入税額の一部を控除できる猶予措置がありますが、全額控除されるインボイス発行事業者からの仕入とは別に控除額の計算が必要です。

控除額計算・入金確認・消込などには、電子インボイス対応の経理システム・請求書管理システム等を用いることが一般的です。

販売管理・受発注（EDI）

販売管理のインボイス対応やEDI取引を行うことには、仕入税額を正確に計算しやすくなり、請求書を確実な形でやり取りしやすくなるといったメリットがあります。EDI取引とは、商取引に関するデータを各自の規約に基づいてインターネット上で取引する手法のことです。

レジ業務

インボイス発行事業者が商取引を行う場合、インボイス対応のレジスターを使用することで適格簡易請求書対応が行えるようになります。消費税率が8%・10%両方の商品の取り扱いや、領収書の発行を行う機会の多い小売業・飲食業・タクシー業等の事業者は、インボイス対応レジスターの使用がおすすめです。

なお適格簡易請求書は、受領者の氏名や名称を記載する必要が無く、税率ごとに区分した消費税額・適用税率を記載することで、適格請求書と同様に扱えます。

請求書は発行側・受領側双方の企業で要対応

仕入税額控除の適用を受けるには、発行側がインボイス発行事業者の登録を受けている必要があり、受領側と発行側の双方がインボイスを7年保存することが必要条件です。

電子インボイスを受領した際には、売り手がインボイス発行事業者であるかを最初に確認し、次に記載項目が適切にそろっているかを確認します。発行事業者であることを確認する際には、国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」で登録番号を見ることで信用性が高い情報を得ることができるでしょう。

また、インボイス制度においては、免税事業者と取引をする課税事業者の負担を軽減するため、令和8年度税制改正（2026年3月成立）により2031年9月30日まで（当初2029年9月30日から延長）仕入税額控除の経過措置が段階的に認められています。
※令和8年度税制改正により控除割合・適用期限が変更されました。

仕入税額控除の経過措置については以下で詳しく解説しています。

インボイス制度の経過措置とは？適用要件や会計処理について解説

【機能比較】電子インボイス対応システムの選び方とカテゴリ別10選

ツール選定においては、「受領（受け取り）」を自動化したいのか、それとも「発行から集金・入金消込」までを自動化したいのかで、選ぶべきシステムが大きく異なります。以下は、代表的なツールの機能比較表です。自社の課題に合わせて最適なカテゴリのツールを選定してください。

【発行〜入金消込・SFA連携に強い】一気通貫型システムの活用

ここでは、単なるインボイスの発行だけでなく、その後の「集金」「入金消込」や「営業システムとの連携」までを自動化するシステムの活用について解説します。たとえば、実用的なクラウドシステムである「請求管理ロボ」などを例に挙げると、最大の強みはSalesforceなどのSFAと連携した自動発行と、バーチャル口座やAIを活用した高精度な入金消込が可能な点です。システム内で発行から消込、未収金の催促までを一気通貫で処理できるため、継続課金やサブスクリプション型のビジネスにおいて、経理と営業のデータ分断を防ぎ、劇的な業務工数の削減を実現します。その他の選択肢として、既存の会計ソフトとの連動に強みを持つ「freee経理」や、帳票データの大量配信に特化した「楽楽明細」など、自社の課題に合わせて選ぶことが重要です。

・請求管理ロボ

ROBOTPAYMENTの「請求管理ロボ」は請求書発行から集金、入金催促までを自動化するクラウドサービスです。最初に取引先と請求内容を登録することで請求書の発行と送付を自動化し、明細単位で請求時期のスケジュールを管理できます。

自社の登録番号を登録すれば適格請求書を発行でき、日本版Peppolに準拠した電子インボイスの配信にも対応しています。

「請求管理ロボ」には、インボイス対応を目的としたIT導入補助金の導入・申請を担当する専門チームが在籍しています。補助金対応に向けた手続きは、ROBOTPAYMENTの専門チームに委託可能です。2022年におけるIT導入補助金の導入率は87%を超えており、顧客のニーズに応えたサービスとなっています。

連携の可否は、対応する製品名と連携方式まで確認しておくと導入後のギャップを防げます。たとえば請求管理ロボの場合、SFA/CRMはSalesforce（AppExchangeアプリおよびAPI連携）とkintoneに対応し、受注情報をもとに請求から入金消込までを進められます。会計側は、PCA会計・勘定奉行・弥生会計・マネーフォワード クラウド会計に対応した仕訳データを出力できます。連携方式は大きくAPI連携とCSVファイル連携に分かれ、API連携はデータを自動かつ随時やり取りしやすく、CSV連携は既存の運用に組み込みやすいという違いがあるため、データの更新頻度と運用体制に合わせて選びましょう。

・freee経理
「freee経理」は経理作業を自動化し、個人事業主や中小企業を対象とした書類管理を実現できるシステムです。インボイス制度に対応した請求書・発行書類を発行および保存できる機能を備えており、既存の会計システムを使用しながらインボイス対応した請求書類を発行できます。

新規導入にあたっては業務フロー見直しから操作習得まで総合的にサポートできるセキュリティ体制を構築していることが「freee経理」の強みです。システム上で受注、発行した請求書類を電子保存することで業務コスト削減、効率向上を実現できることが「freee経理」の特徴となっています。

・楽楽明細
「楽楽明細」はクラウド型の請求書発行システムです。帳票データをサーバ上にアップロードすることで、取引先に応じたデータ形式で請求書を発行できる仕組みになっています。

請求書類を電子データとして即時発行することができ、改正電子帳簿保存法に対応した請求書の保存・請求書の保存を行えることが特徴です。クラウド型のシステムであるため、インターネット環境が整っている場所であればどこでも利用できます。

・Misoca
「Misoca」は見積書・納品書・請求書等の財務諸表を入力フォームに記入することで、インボイス対応の書類を発行、保存できるシステムです。複数社の確定申告ソフトや会計ソフトと連携できるようになっており、充実した連携機能を備えていることが特徴になっています。

業務自動化に役立つ機能が複数搭載されており、インターネット上で請求書業務を行えるクラウド型ソフトとして活用できる機能を備えています。

・マネーフォワードクラウド請求書
「マネーフォワードクラウド請求書」は、インボイス制度の要件に適した請求書の作成・送付等を行えるクラウド型ソフトです。作成した請求書は紙媒体やPDFデータとして送付できるようになっており、インターネット上で請求書業務を行える機能が充実しています。

電子インボイス受領側

電子インボイスの受領者が仕入税額控除を受けるには、電子帳簿保存法に応じた形式で適格請求書を保存する必要があります。ここでは、電子インボイスを受領する事業者向けの機能を持つ経理システムを5種類紹介します。

・TOKIUMインボイス
TOKIUMインボイスは、受領した請求書の自動データ化や会計ソフトへの取り込み等を行う請求書受領システムです。電子帳簿保存法で定められた保管要件に対応しており、取引先との連絡調整やインボイス対応に必要な作業をTOKIUM側が代行する仕組みになっています。

請求書の受け取りやデータ化がすべてTOKIUM側で行われることから、取引先の状況に関わらずペーパーレス化を実現できることが特徴です。

・バクラク請求書
バクラク請求書は請求書自動読み取り、会計システム連携等に対応している請求書受領システムです。インターネット上でデータ化した請求書の受領状況や支払い忘れを防げる機能が備えられています。

取引先から送付される請求書を電子データに変換・可視化する作業を委託でき点が特徴です。また、支払い確認や書類の電子化等も一貫してサポートできます。

・弥生会計
弥生会計は、適格請求書の受領・保存等を行えるクラウドアプリです。適格請求書の保存は「スマート証憑管理」、仕訳入力や消費税集計は「弥生会計オンライン」を使用することで対応できるようになっています。

「スマート証憑管理」は電子帳簿保存法で定められた検索要件・訂正および削除の防止措置に対応しており、「弥生会計オンライン」は適格請求書と区分記載請求書の入力に対応しています。弥生会計は、複数のアプリを組み合わせることで、効率的にインボイス対応を行えるようになっている点が特徴です。

・invox受取請求書
invox受取請求書はインボイスの受取・データ取込までを自動化し、クラウド上で一元管理できるシステムです。請求書のデータ化はinvoxのオペレーターとAI OCRのシステムが行う仕組みになっており、99.9%以上のデータ化精度を保証されています。請求書の取り込みは紙媒体と電子データともに対応しており、取り込み後はクラウド環境でデータ確認・修正を行えることもinvox受取請求書の特徴です。

・Bill One
Bill Oneは、電子帳簿保存法・インボイス制度に対応したクラウドシステムです。取引先から送付される請求書受け取りをBill Oneが代行し、データ化が完了した後は専用のデータベースで管理できる仕組みになっています。

請求書の検索機能やタイムスタンプ付与・変更・対応履歴保存といった機能が実装されており、今後の法改正・制度見直しに対応して機能追加を行うことも公式ホームページで公表されています。

導入後の運用で確認しておきたいこと

システム選定とあわせて確認したいのが、導入後の運用です。
インボイス制度には免税事業者からの仕入れに関する経過措置が設けられていますが、控除できる割合や適用期限は税制改正により変更される場合があります。最新の内容は国税庁「インボイス制度について」のページでご確認いただけます。

また、デジタルインボイスの国内標準仕様であるJP PINTもデジタル庁のもとで更新が続いています。こうした変更のたびに自社でシステムを改修していては負担が大きいため、クラウド型で提供元がアップデートを行う製品かどうかを確認しておくと安心です。あわせて、登録番号の確認や記載事項のチェックを誰が担当するのか、社内の運用ルールも導入前に決めておきましょう。

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電子インボイス対応は発行して終わりではなく、発行後の入金消込やSFA・CRMとの連携までを一気通貫でシステム化してこそ、抜本的な業務削減につながります。

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